成人の心室中隔欠損症では、通常、心不全、重症不整脈、逆説性塞栓症または感染性心内膜炎により死亡する。 心室中隔欠損は成人の先天性心疾患の約10％を占め、中隔欠損が小さいものは予後が良好である。 欠損の大きい患者は、外科的に治療しなければ、30歳以前に心不全、重症不整脈、逆説性塞栓症、または感染性心内膜炎で死亡する傾向があり、肺血管抵抗と肺動脈圧が進行性に上昇する患者は、通常20歳以前にアイゼンメンジャー症候群を発症することがある。 心室中隔欠損症の患者は、欠損部の外科的修復または経カテーテル的閉塞術によって治療される。 肺動脈圧が正常な小さな欠損は放置しておいてもよいが、大動脈弁逸脱や閉鎖不全を合併している場合は、たとえ分画流量がわずかであっても手術の適応となる。 思春期に発見された心室中隔欠損症は、生存率を向上させるために外科的治療を行うべきである。 発見が遅れるのを避けるため、発見後できるだけ早く受診することが推奨される。