α-フェト蛋白の弱陽性は、病的原因によるものと生理的原因によるものがあり、前者は肝炎、肝癌などで、後者は妊娠中の女性にみられる。
1.病理的原因
(1)ウイルス性肝炎：ウイルス性肝炎ではαフェト蛋白の定量値が高くなることがあるが、エンテカビルなどの抗ウイルス薬や肝庇護薬で治療できる。
(2)肝硬変：肝硬変でもα-フェト蛋白が弱陽性になることがあり、このような場合は酵素低下、肝保存、黄疸などの治療が可能である。
(3)肝細胞癌：弱陽性のα-フェトプロテインは、肝細胞癌のような様々な悪性腫瘍でも見られ、手術、放射線治療、化学療法などの方法で治療することができます。
(2) 生理的理由：α-フェト蛋白は生理学的には新生児期の肝細胞から分泌されます。 胎児の肝細胞は十分に発達（分化）していないため、α-フェト蛋白を大量に分泌し、臍帯血を通じて母体の血液中に入るため、妊娠期の妊婦のα-フェト蛋白は陽性となります。 通常は治療の必要はありません。
検査指標に異常がある場合は、できるだけ早く病院を受診する必要があり、医師は病状を長引かせないように、具体的な症状に応じて個別の診断と治療計画を立てます。