爪甲真菌症の治療には手術が行われることもあるが、手術が必要かどうかは患者の状態による。
初期の爪溝炎には、イヒチオライト軟膏、金黄散、ムピロシン軟膏などを外用します。局所温湿布や理学療法も炎症の成熟や沈静化を促します。 しかし、爪溝膿瘍が形成された場合、爪溝縦切開排膿、定期的な薬剤交換治療、医師の指示に従ってアモキシシリン、セファクロルなどの抗生物質を服用する必要があります。
罹患指がズキズキと痛んだり腫れたりしたら、適時に切開・減圧排膿し、指骨の壊死や骨髄炎などの重篤な合併症につながる化膿性指乳頭炎の発生につながらないように注意する必要がある。
爪甲真菌症に罹患した患者は、時間内に病院へ行き、医師の指導の下、適切な治療を受けるべきである。