シュードモナス・マルトフィリアにはコトリモキサゾールが好ましく、次いでミノサイクリン、レボフロキサシン、セフタジジムの順である。
Pseudomonas maltophiliaは条件病原性細菌に属し、人体の抵抗力が低いときに感染しやすく、抗生物質に対して大きな抵抗性を持っている。 一般に薬剤感受性試験では、ほとんどの抗生物質が耐性を示し、コトリモキサゾールのほとんどが感受性である。
シュードモナス・マルトフィリアはアンピシリン、セフォタキシム、セフトリアキソン、エルタペネム、イミペネム、アミノグリコシドなどほとんどの抗生物質に対して自然耐性である。 セフタジジムに対しては、一般にin vitroでは感受性があるが、in vivoでは無効である。
コトリモキサゾールはスルホンアミド系に属し、ほとんどの細菌には強くないが、シュードモナス・マルトフィリアには強い。
医師の指示に従うことが推奨される。