長期的な便秘は器質性便秘と機能性便秘に分けられ、器質性便秘患者は病気の原因を治療する必要があり、下剤を使用して便秘の症状を緩和することができ、一般的に使用されるラクツロース、ポリエチレングリコールなど、または外科的治療；機能性便秘は食事と生活習慣の調節、薬物療法、清潔浣腸などの方法を変更する。
1.器質性便秘：器質性便秘の一般的な原因は、腸結核、大腸癌、甲状腺機能低下症、糖尿病、腸閉塞などであり、上記の原因に対して的を絞った治療が必要であり、下剤を使用して症状を緩和することができ、一般的に使用されるラクツロース、ポリエチレングリコール、センナなど。 腸閉塞や腸腫瘍による便秘は、積極的に手術を行う。
2.機能性便秘：器質的な胃腸病変がない場合、食物繊維を増やし、水を多く飲み、規則正しい排便習慣を身につけ、運動量を増やして症状を改善し、下剤の乱用を避ける。 モサプリドやイトプリドなどの腸管運動を促進する薬剤を使用することもできる。 便秘患者の中には、ビフィズス菌や乳酸菌などの腸内細菌叢を調整する微小生態学的調整剤を使用することができる。
長期にわたる便秘の場合は、関連する病態を除外するために、さらに医師に相談し、医師の指示に従って治療することが推奨される。