痔瘻は自然治癒が難しく、生理食塩水に浸しても効果がないため、痔瘻の大部分は外科的治療が必要となる。 痔瘻を放置すると再発し、最終的には直腸や肛門管の末梢膿瘍に発展する可能性がある。 肛門瘻の大部分は外科的治療を必要とするが、これは瘻孔全体を切開または切除し、開放創を形成して治癒を促進するという原則に基づくものである。 手術の選択肢には、瘻孔切開術、吊り糸療法、肛門瘻孔切開術などがある。 吊り糸療法は適応範囲が広く、肛門縁から3～5cm以内に内外に開口部がある低位および高位の単純性肛門瘻孔に適用され、複雑性肛門瘻孔切開術の補助的治療としても使用できる。 肛門瘻と診断されたら、可能な限り早期の外科的治療が勧められる。繰り返される感染による病状の悪化を避けるためには、治療は早ければ早いほど身体にとって有益である。