胃腸機能障害の原因は、心身症的要因、食事的要因、遺伝的要因、自律神経機能の異常など多岐にわたる。 1.心理的要因：例えば、機能性ディスペプシア、過敏性腸症候群、機能性便秘などは、不安や抑うつなどの心理的要因が関係している。 2.食生活要因：過食などの長期にわたる食生活の乱れも、特定の食品に対する不耐性を示す胃腸機能障害を引き起こすことがある。 3.遺伝的要因：例えば、過敏性腸症候群は家族内で発症する傾向がある。 4.自律神経機能の異常：胃腸機能障害で迷走神経機能に異常がある患者の中には、下痢患者は迷走神経活動の亢進を示し、便秘患者は迷走神経活動の低下を示す。 胃腸機能障害のある患者は、医師の指導の下、適時に医師の診察を受け、系統的な指導を受ける必要がある。