腸管形質転換を伴うセリアック病は、腸管形質転換が元に戻りにくいため、完治は難しいが、積極的な治療により病気の進行をコントロールし、予後を改善することができる。 腸管形質転換を伴う胃セリアック病の原因は主にヘリコバクター・ピロリの感染などであり、ヘリコバクター・ピロリを除菌するためにクラリスロマイシン、アモキシシリン、オメプラゾール、クエン酸ビスマスカリウムなどの併用療法を行います。 ピロリ菌に感染していない場合は、オメプラゾールや炭酸アルミニウムマグネシウムなどの薬を服用することができます。 積極的な薬物治療により、病気の進行を効果的に遅らせ、胃粘膜の萎縮を防ぐことができます。 薬剤使用中の副作用は速やかに相談する必要があり、薬剤アレルギーは禁止されている。