慢性胃腸炎は根本的な原因を完全に取り除く方法はないが、薬物治療と一般的な対策によって予後を改善し、病気の進行を抑えることができる。
1.薬物治療：慢性胃腸炎の患者は、医師の指導の下、バチルス・リシェニフォルミス（Bacillus licheniformis）生菌カプセル、ビフィドバクテリウム（Bifidobacterium triplex）、メサラジン（Mesalazine）、オサラジン（Osalazine）などの経口抗炎症薬などの腸内プロバイオティクスを内服することができる。
痛みがある場合は、アトロピン、スコポラミンなどの鎮痙・鎮痛薬を内服する。
2.一般的な対策：慢性胃腸炎患者の日常生活では、十分な休養を確保し、過労にならないようにする必要がある。 バランスのとれた食事をとり、ビタミンやタンパク質を多く含む食品を食べ、カビの生えた食品を避け、漬物、燻製、揚げ物を控える。 二次感染を避けるため、食事の前後には手を清潔にする。
慢性胃腸炎と診断されたら、病状を長引かせないよう、積極的に医師と協力して適切な治療措置をとる必要がある。 薬は医師の指示のもとに投与する。