アミオダロンの副作用には、徐脈、低血圧、消化器系異常（吐き気など）、甲状腺機能異常、肺毒性（空咳、呼吸困難など）、神経系異常（倦怠感、頭痛など）がある。 ペースメーカーを使用していない徐脈または心ブロックのある患者、甲状腺機能異常または既往歴のある患者、ヨードアレルギーのある患者には禁忌である。
アミオダロンは抗不整脈薬で、心室性前収縮、心室性頻拍、心房細動、その他の不整脈、特に心臓に重度の器質的障害がある患者の治療に用いられる。 アミオダロンは低カリウムを誘発することがあり、アミオダロン投与中は、悪性不整脈の発生を避けるために、血中カリウム濃度のモニタリングに注意する必要がある。 授乳中の女性にアミオダロンを投与する場合は授乳を禁忌とする。
アミオダロンは自己治療ではなく、専門医の指導のもとで服用する必要があり、服用中に副作用が現れた場合は、速やかに医師に連絡し、医師の指示に従い、服用を中止するか、他の薬剤に変更する必要がある。