脳MRIでは一般的に、脳血管障害、脳炎、脳腫瘍、先天性発達奇形、その他の疾患を調べることができる。 脳のMRIは一般的に、脳幹や後頭蓋窩の位置や大きさ、脳の実質構造の変化（狭窄、占拠、浮腫の有無など）を観察することができる。 画像の鮮明度が高く、脳のさまざまな病変を検出できる。 例えば、脳梗塞、脳出血、脳動静脈奇形などの脳血管障害、脳膿瘍、脳炎などの脳炎症、膠芽腫、星細胞腫、脳室髄膜腫、松果体腫瘍、転移性脳腫瘍などの脳腫瘍、先天性脳低形成、頭蓋大脳先天性発達奇形などの各種脳疾患などである。 一般的に、臨床症状と画像検査を組み合わせて診断を確定することができ、患者は診断後、積極的に医師と協力して治療を受ける必要がある。