サル痘ウイルスは自然界では主にアフリカのげっ歯類（アフリカリス、ツリーリス、ガンビアカンガルー、ヤマネなど）に存在する。 霊長類（サル、チンパンジー、ヒトなど）もサル痘ウイルスに感染したげっ歯類と接触して感染することがあります。 サル痘ウイルスに感染した動物やサル痘患者がこの病気の感染源となります。 サル痘ウイルスは主に粘膜や壊れた皮膚から体内に侵入します。 ヒトは主に感染動物の呼吸器分泌物、病変部の滲出液、血液、その他の体液との接触や、感染動物による咬傷や掻傷によって感染する。 主に人と人との密接な接触によって伝播するが、長時間の密接な接触による飛沫感染でも伝播することがあり、ウイルスに汚染された物との接触によっても感染することがある。 今回のサル痘集団感染でも、ほとんどの症例が発症前に同性間の性行為があったことが判明しており、やはり性行為時の濃密な接触による感染が主な原因である可能性があり、精液による感染か膣分泌液による感染かは不明である。 サル痘ウイルスは胎盤を通して妊婦から胎児に感染することもある。