霊芝を水に入れて飲むのが正しい使い方だが、水に入れて飲んでも治療効果を得るのは難しく、通常は他の薬と合わせて煎じ汁にして内服する。 霊芝は精神を落ち着かせ、気を補い、喘息を鎮め、咳を和らげる漢方薬である。 動悸（心臓の鼓動が速く、しばしばパニックを伴う）、不眠、落ち着きのなさ、息切れ、咳や喘鳴、食欲不振などに用いられる。 粉末にして飲み込んだり、煎じ薬にして内服したり、煎じ薬にして熱湯と一緒に飲んだりするが、煎じ薬の有効量は限られており、治療の役割を果たすのは難しい。 不眠症や悪夢には、血を養い心を落ち着かせるナツメの実と組み合わせるとよい（血を養うことで心を落ち着かせ、感情を鎮める）。 虚労の治療には、気を補い血を養う人参を用いることができる。 霊芝は、腹部膨満感、疼痛、圧迫拒否を呈する患者、便秘、痰唾鬱結（異常な痰と唾液の過剰分泌）など、固形症状のある患者には慎重に使用すべきである。 霊芝による副作用は明らかではない。 エビデンスに基づいた治療のため、医師の指導の下で使用すべきである。