フケ症は通常、マラセチアの繁殖、脂漏性皮膚炎、乾癬などの疾患によって引き起こされ、シャンプー剤に対するアレルギーによっても引き起こされることがあるが、通常は効き目のあるシャンプー剤で洗うことができる。 マラセチアの繁殖が関係している場合は、ケトコナゾール、二硫化セレンなどの成分を含むシャンプーや、ビフォナゾールなどの抗真菌スプレーを使用することができる。 脂漏性皮膚炎を伴う場合は、コールタール、ケトコナゾール、硫化セレンなどの成分を含むシャンプーを使用することができる。 乾癬に関連している場合は、副腎皮質ステロイド軟膏、レチノイン酸クリーム、カルボトリオールなどを頭皮に塗布し、紅皮症型、膿疱型にはメトトレキサート、サラゾスルファピリジンなどを短期間使用することができます。 薬物治療は医師の指導が必要で、特にホルモン剤は注意が必要です。