低侵襲腰椎手術の危険性として、原疾患の再発、末梢神経損傷、筋機能損傷などが考えられる。
1.原疾患の再発：低侵襲手術の視野は狭く、視野の死角により髄核の除去が不完全になるなどの問題があり、手術後に原疾患が再発する可能性がある。
2.末梢神経の損傷：手術により末梢神経が浮腫することがあり、適時リハビリを行わないと不可逆的な神経損傷を起こすことがある。
3.筋機能の損傷：低侵襲腰椎手術後、正しく科学的なリハビリ訓練が間に合わなければ、腰背筋の筋力が不足したり、運動開始時期が早すぎたり、運動負荷が強すぎたりすると、筋機能が損傷したりする可能性がある。
低侵襲腰椎手術を受ける患者は、術後に違和感を感じたらすぐに病院へ行き、医師の指導の下、標準的な治療を行う必要がある。