水浣腸は病気のときに必要であり、ある種の病気（便秘など）の治療に有益である。 しかし、浣腸を繰り返すと細菌叢のバランスが崩れ、身体にある種の影響を及ぼすことがある。
1.例えば、数日間排便がなく便秘が続いている患者に対して、浣腸は便を軟らかくして乾いた便の排出を促し、便秘の症状や体内の毒素の吸収を抑えることができる。 注：浣腸は水の温度に注意し、冷たすぎず熱すぎず、患者に痔があるかどうかを観察し、粘膜の損傷を引き起こさないように、操作は標準的で穏やかでなければならない。
2.水浣腸を繰り返すと、腸内細菌叢のバランスが崩れ、下痢などの腸内反応が相次ぐことがある。 また、浣腸を繰り返すと腸粘膜を傷つけ感染症を起こしやすく、腸管依存症を形成して腸の機能を低下させることもある。
以上のような手術は、医師の指導のもとに行い、副作用や合併症を避けるために自己流は避けるべきである。