肛門鏡検査と肛門鏡検査の違いは、主に鏡の長さ、鏡の構造、検査範囲、麻酔の程度、検査の準備などにある。
1.鏡の長さ：内視鏡の長さは通常10cm以下であるのに対し、肛門鏡は通常20cm前後である。
2.鏡の構造：肛門鏡には光源が必要だが、肛門鏡にはない。
3.検査範囲：肛門鏡は主に肛門、肛門管、直腸末端の病変の検査に用いられるが、肛門鏡は直腸全体など病変の少し深い部分を探ることができる。
4.麻酔の程度：検査前には局所麻酔が必要であるが、肛門鏡検査の麻酔の程度は肛門鏡検査よりも重くする。
5.検査前の準備：肛門鏡検査では、洗浄浣腸などの腸の準備をする必要があるが、肛門鏡検査では必要ない。
臨床：一般的に、患者の病状に応じて、よりよく病気をチェックするために、ある種の顕微鏡検査を選択し、最終的に臨床医のアドバイスに耳を傾ける。