経頭蓋ドプラ超音波検査と脳のMRIは全く別の検査であり.通常は一緒に比較されることはありません。 前者は主に.血管の流れが悪くなっていないか.血管の狭窄が起きていて脳への血液供給が不十分になっていないかなど.脳の血流を明らかにするために用いられ.血管奇形や動脈瘤の有無.微小塞栓形成の有無など.脳血管障害の原因も明らかにすることができる。 しかし.MRIは一般的に脳の器質的な疾患を特定するために用いられ.主に脳実質に病変があるかどうかを確認し.急性脳梗塞.脳出血.脳腫瘍.脳炎などの疾患を発見することができます。 また.さらに機能的MRIや血管造影を行えば.脳の代謝異常の有無や脳血管の病変の有無などを明らかにすることができる。 一般に.動脈系の撮影と静脈系の撮影を伴う脳のMRIは.血管を見る上で経頭蓋カラードップラー超音波検査よりも正確ですが.微小塞栓性雨の有無の判断や脳梗塞の発症率の予測には役立ちません。