脳炎のリハビリ訓練方法は主に運動訓練、宿題訓練、嚥下訓練などのリハビリ訓練方法がある。
1.運動訓練：運動訓練は、寝返り→座位→座位バランス→両膝立ちバランス→片膝立ちバランス→立ち上がり→立位バランス→歩行の順に行うのが一般的である。 状態に応じて、どのレベルからトレーニングを開始するかを決定する。
2.宿題トレーニング：ローラーやペグボードなどの基本的な宿題活動を通して、体幹や四肢の運動能力を促進する。 自立した食事、着替え、歯磨き、身だしなみ、洗濯、排泄、入浴などの日常生活動作を訓練することで、日常生活における身の回りのことを自分で行う能力を向上させることができる。
3.嚥下訓練：唇の訓練を含む嚥下器官の訓練は、適切な受動的または能動的訓練の選択の強さに応じて、運動や発音、繰り返し吸う、ふくらます、唾を吐く、噛むなどの動作や上下左右などの方向の舌の筋肉の動きを通して唇の強さを増加させる。
同時に氷の刺激を与えたり、食べ物の刺激を強く感じさせたりして、感覚機能の回復を促す。
4.その他のリハビリ訓練：主に認知リハビリ訓練、言語療法、心理療法を含む。
脳炎患者の早期機能回復を促すため、病状が安定してから適時にリハビリ訓練を行うことが推奨される。