漢方薬は5～6時間かけて煎じるが、煎じる時間が長すぎると効能が低下する可能性があり、飲み続けることは勧められない。 漢方薬の特徴や種類によって、煎じる熱や時間も異なり、科学的で合理的な煎じ方は、煎じ液を最大限に生かし、薬の有効成分を保持し、治療効果を最大限に保証し、効果的に症状を改善することができます。
煎じ薬の製法は、「まず火を使い、それから書く」と提唱されている。 つまり、時間を節約するために、まず火を使って薬をできるだけ早く沸騰させ、次に火を使って煎じ続け、薬が微沸騰の状態を維持するようにする。 ミネラル、骨や角、甲殻類、滋養強壮剤など、有効成分を煎じるのが容易でないものは、有効成分が十分に溶けるように、1回1時間程度を目安に長時間煮るのがよい。
また、抗うつ剤など揮発性の有効成分を含む薬は、火でさっと茹で、10分から15分ほど火にかけておくとよい。 一般的に漢方薬は2回煎じ、2回目の煎じ液に加える水の量は1回目の煎じ液の1/3～1/2程度とし、2回目の煎じ液の煎じかすを取り除いて濾過・混合し、2～3回に分けて服用する。
なお、漢方薬によっては禁忌や副作用が解明されていないものもあり、専門医の指導のもとで服用する必要がある。 重篤な副作用が出た場合は服用を中止し、病院で経過をみる必要がある。