血栓溶解療法においてヘパリン投与は、血栓症の予防と梗塞の再発抑制に有効である。 しかし，ヘパリン投与の必要性は病態によって異なる。 血栓溶解療法は脳梗塞や心筋梗塞など多くの臓器における血栓塞栓症の薬理学的再開通に使用できる。 現在、臨床ではウロキナーゼ、ストレプトキナーゼ、その他の非特異的フィブリノゲン活性化薬などの血栓溶解薬が一般的に使用されている。 これらの薬剤は血栓中のフィブリンを分解することで血栓溶解を達成するが、血液中のフィブリノゲンを分解することはできない。 梗塞が起こると局所は凝固亢進状態になり、血栓溶解薬は形成された血栓を分解するだけで、凝固過程の持続的な作用を抑制することはできないので、新たな血栓の形成を抑制し、再閉塞を予防するために抗凝固療法や抗血小板療法が必要となる。 臨床ではヘパリンが一般的に使用されるため、ヘパリン化とも呼ばれる。 しかし，心筋梗塞と脳梗塞のヘパリン化介入のタイミングは同じではないので注意が必要である。出血の危険性があり，短期間に介入や手術が必要な場合には，抗凝固療法や血栓溶解療法は施行できない。 抗凝固療法を行うかどうか、いつ行うかは、臨床医が病態に応じて判断する必要がある。