ドキシサイクリンは作用範囲が広いため、副作用も多く、主に消化器系症状（悪心・嘔吐など）、神経系症状（頭痛、視神経乳頭浮腫など）、アレルギー反応（皮疹、アナフィラキシーなど）が中心です。
1.消化器症状：本剤は消化器官を刺激し、悪心、嘔吐、腹痛、下痢等の副作用を起こすことがあるので、食道炎、食道潰瘍のある患者には慎重に使用する。
2.神経症状：本剤により、頭痛、嘔吐、視神経乳頭浮腫等で発現する良性頭蓋内圧亢進を起こすことがある。
3.アレルギー反応：本剤の使用により、人によっては蕁麻疹、血管浮腫、アナフィラキシー性紫斑病などのアレルギー現象が現れることがあり、重症の場合はアレルギー性喘息、アナフィラキシーショックなどの症状が現れることがある。
ドキシサイクリンは広域抗生物質であり、その作用範囲の広さから副作用の可能性があります。 使用に際しては、二次感染が起こった場合には、時間をおいて中止すること、長期に使用する場合には、血液ルーチンや肝機能のチェックを適時行うことが必要であることに注意する必要がある。 妊婦や授乳中の女性は使用しないこと。
それぞれの薬には異なる副作用があり、薬の使用は一般的に長所と短所を天秤にかけた上で使用される。 また、ドキシサイクリンは処方薬であるため、医師の指導のもとで使用し、薬の無断使用を避け、副作用を防ぐ必要があります。