ピロリ菌感染後、系統的かつ包括的な治療を行えば、80～90％の患者は完治する。 初めてピロリ菌に感染した場合は、プロトンポンプ阻害薬1剤と抗生物質2剤の3剤併用療法が一般的である。 プロトンポンプ阻害薬はオメプラゾール、パントプラゾールなどから1種類を選択し、抗生物質は主にアモキシシリン、レボフロキサシン、クラリスロマイシン、メトロニダゾールなどを使用する。 3剤併用療法が無効な場合は、4剤併用療法を行うこともある。 すなわち、プロトンポンプ阻害薬1種類、ビスマス剤1種類、抗生物質2種類の3剤併用療法を基本として、クエン酸ビスマスカリウムやコロイド状ビスマスペクチンなどのビスマス剤1種類を追加する。 上記の薬剤は、専門医の指導のもとに使用する。 ピロリ菌に感染したら、早めに医療機関を受診することが勧められ、専門医の指導のもと、早期に標準化された十分な治療を行えば、ほとんどのピロリ菌は治癒する。