現在手術が推奨されている消化管間葉系間質腫瘍（GIST）は、低侵襲内視鏡的切除は推奨されていない。
GISTに対する内視鏡的切除の中長期的な安全性に関する比較研究が不足しているため、ルーチンに推奨されることはない。 さらに、ほとんどのGIST腫瘍と周囲の筋組織との境界は明確ではないため、内視鏡による根治的切除は容易ではなく、手術合併症（主に出血、穿孔、腫瘍細胞の移植など）の発生率は高い。
開腹手術は現在でもGISTに対して最も一般的に用いられている手術法である。 分割切除や楔状切除は局所切除の最も一般的な方法である。 再発手術や臓器機能温存を伴う症例では、術前イマチニブ療法を行うかどうかを決めるために、集学的な専門家によるパネルディスカッションが推奨される。
経験豊富な医療施設では、腫瘍の部位や大きさによっては腹腔鏡下切除が考慮される。 GIST腫瘍の完全切除に大きな腹部切開が必要な場合は、腹腔鏡手術は推奨されない。 術中の腫瘍の破裂や播種も避けるべきである。
医師の判断のもとで治療を調整することが推奨される。