アデノイド肥大症手術のリスクは比較的小さいですが、主に麻酔事故、出血、咽頭管損傷、粘膜損傷などがあります。
1.麻酔事故：アデノイド肥大症の手術には全身麻酔が必要ですが、麻酔が効きすぎたり、患者が麻酔に対してアレルギー反応を起こしたりすると、皮膚症状、気管痙攣、さらには心無呼吸などの症状を引き起こします。
2.出血：凝固障害のある患者の手術は慎重に検討する必要があり、さらに手術で重要な血管が損傷されると、大量出血につながる。
3.耳管損傷：耳管はアデノイドの近くにあるため、耳管路を傷つけやすく、瘢痕形成により耳管が狭くなったり、閉鎖したりし、難聴、鼓膜水貯留、耳鳴りなどの症状を引き起こし、重症の場合は分泌性中耳炎になることもあります。
4.粘膜損傷：手術中の器具の操作により、口腔や咽頭の粘膜を損傷することがあります。