一般的に、胃内視鏡検査は1回の診察で行うことができる。 胃カメラは、逆流性食道炎、慢性胃炎、消化性潰瘍、腫瘍、ポリープなど、球部から下行部にかけての食道、胃、十二指腸の疾患の診断に用いることができる。 また、心窩部不快感、吐き気、嘔吐、心窩部痛、食欲不振、胃酸逆流などの症状がある場合は、確定診断のために胃カメラを行うこともある。 腸内視鏡検査は、腸炎、腸ポリープ、腸がんなどの診断の補助など、腸管に現れる疾患の診断とそれに対応した治療を補助することができ、ポリープ切除や止血などの治療を腸内視鏡下で行うことができる。 胃カメラと腸内視鏡は異なる種類の内視鏡検査であり、検査部位も異なるが、同じ宿主に対して実施することが可能であり、胃カメラを先に実施し、胃カメラ後にベッドポジションを調整してから腸内視鏡検査を実施することも可能である。 なお、高齢で体力のない方、上部消化管出血を伴う方、心肺疾患を伴う方などは、胃カメラと腸カメラを同時に行うことは、体への負担を悪化させないためにもお勧めできません。