頭部CTで異常がなくても頭蓋内病変が疑われる場合は、MRI検査が必要である。
脳MRIは通常、脳CTよりも多くの情報を提供でき、軟部組織の解像度が高く、より鮮明な画像検査である。 CTでは見えない異常もMRIでは明瞭に描出されるため、CTよりも効果的かつ早期に病変が発見されることが多い。
さらに、多くの場合、CTでは病変を短期間で示すことができないため、さらにMRIが必要となる。
MRIの欠点は高価であることで、医師は必ずしもすべての患者に初診時にMRIを処方するわけではない。
したがって、頭部CTが正常で、臨床症状、徴候、病気の進行状況から頭蓋内病変の存在がなお疑われる場合には、MRIが必要となる。