山椒の種子は一般に薬用に用いられないので、山椒の種子には一般に特別な効果・効能はない。 山椒五加の薬用部位は通常、乾燥した根または根茎で、益気強壮（脾胃の気を整える）、補腎、精神安定の作用があり、脾腎陽虚（脾腎の陽気が不足すること）、虚弱体質、食欲不振、腰痛、膝痛、不眠・夢過多に用いる。 副作用は明確でなく、陰虚火亢（体内の陰精が不足し、虚火が亢進している状態）の人は注意が必要である。 脾臓と生命エネルギーを強化し、喘息を鎮め、痰を取り除く。 脾気虚、肺気虚、疲れやすい、食欲不振、咳喘などに単独で用いるほか、麦門冬湯などと併用することもできる。 心脾両虚（心と脾の虚弱）、血虚、食欲不振、不眠などにも効果があり、単独で酒に用いるほか、血を養い精神を鎮める（血を養うことで精神を安定させ、情緒を和らげる）目的で、調製した多胡仁（Polygonum Multiflorum）と併用することもできる。 専門の漢方医が診断と治療を行った上で使用すべきものであり、副作用を避けるためにやみくもに服用すべきではない。