すべての患者が化学療法に適しているわけではなく、禁忌の患者もいる： 1.全身化学療法は一般に、機能状態スコア（Kamofskyスコア）が60未満と評価されるような全身不全または悪液質の場合は禁忌である。 2.アントラキノン系抗生物質化学療法剤、特にアドリアマイシンは心不全では禁忌であり、高用量のシクロホスファミドおよびフルオロウラシル、トリクロサン、カンプトテシンも心毒性を引き起こす可能性がある。 3.全身化学療法は、明らかな黄疸や肝機能異常がある場合は使用すべきでなく、化学療法後に肝機能異常が繰り返し起こる場合は再度使用すべきでない。 4.シスプラチン、メトトレキサート大量投与は腎不全のある患者では禁止し、腎機能低下が軽度であってもシスプラチンは減量し、大量投与は避ける。 5.重度の肺低形成では、ブレオマイシン、メトトレキサート、ロイコボリンは禁忌である。 6.全身化学療法（シスプラチン、副腎皮質刺激ホルモンを除く）は、末梢血顆粒球絶対数が1.5×10⁹/L未満、血小板数が50×10⁹/L未満など明らかな骨髄不全のある患者では、化学療法を慎重に行う場合、一般に禁忌である。 7.発熱、出血、感染症、大量の腹水、水分喪失、電解質および酸塩基平衡の不均衡がある場合は、全身化学療法を行ってはならない。 8.消化管吻合後2週間以内は化学療法を行うべきではない（内腔化学療法を除く）。 9.広範な放射線治療終了後は、全身化学療法を行う前に2～4週間の安静が必要である。 10.ある種の化学療法剤に対してアレルギーを起こすことが知られている患者。 化学療法によって腫瘍患者の生存期間を延長し、術後の再発や転移を減少させ、QOLを改善することは可能であるが、患者が化学療法に適しているかどうかは、医師が患者の状態に応じて適切な治療計画を立てる必要がある。