フルコナゾールを1日1回服用するか、3日に1回服用するかは、治療する疾患によって異なる。 用量は疾患によって異なるため、一概に決めるべきではない。
成人の性器カンジダ症を治療する場合、膣カンジダ症（年間4回以上）の治療および再発予防には、150mgを3日に1回、合計3回（1日目、4日目、7日目）服用し、その後150mgを毎週維持量として服用する。
成人のコクシジオイデス症の治療には、1日1回200mg～400mgを投与する。 患者により11ヵ月から24ヵ月またはそれ以上続ける。 一部の感染症、特に髄膜炎に対しては、1日800mgの投与が考慮される。
注意事項：フルコナゾールは腎機能不全や肝機能不全のある患者には慎重に使用すること。
この薬は医師の監督下で服用されるべきである。