新生児の卵円孔開存症では、欠損が小さければ、ほとんどが自然に閉鎖することができるが、欠損が大きければ、外科的修復が必要である。
1.小さい欠損：欠損の直径が5mm以下であれば、4歳以内、特に1歳以前であれば、自然閉鎖の可能性があり、明らかな症状がない限り、経過観察が可能である。
2.欠損が大きい場合：心不全や肺高血圧症は成人になってから起こる可能性があり、小児期に修復手術を行うことが推奨される。 厳密な適応があれば、カテーテルによる封鎖術も選択肢となる。
新生児に卵円孔閉鎖不全が発見された場合、明らかな症状がなく、欠損部位が比較的小さければ、経過観察とし、病院で医師の治療指導を受けるようにする。