胃間葉系腫瘍は自己限定性疾患ではないため、自然治癒することはない。 胃間葉系腫瘍、または消化管間葉系間質腫瘍（GIST）は間葉由来の腫瘍性疾患である。 現在、本疾患の発症には遺伝子変異が関係していると考えられている。 消化管間葉系腫瘍の主な治療法は手術と標的療法である。 切除可能なGISTに対しては、手術が主要な治療法である。 手術後に標的治療を行うかどうかは病理所見に基づいて決定される。 GISTは動的非方向性分化を特徴とするため、良性のGISTであっても外科的切除後に再発する可能性があり、すべてのGIST患者は定期的に経過観察されるべきである。 消化管間葉系間質腫瘍（GIST）であることが判明した人は、遅れないように時間内に病院で治療を受けるべきである。