肝内胆汁うっ滞はさまざまな要因で起こり、薬物療法、内視鏡検査、手術などで治療する。
1.薬物療法：肝内胆汁うっ滞は、自己免疫疾患や薬剤性肝障害が原因となることがあります。 一般的には、ウルソデオキシコール酸などを医師の処方に従って使用し、局所のうっ滞を緩和します。 また、ホルモン剤（グルココルチコイド）や肝保護薬（グリチルリチン複合体など）を使用することもある。
2.内視鏡治療：原発性硬化性胆管炎による胆汁うっ滞に対しては、狭窄部に内ステントを留置し、プローブで胆管狭窄部を拡張する内視鏡治療が行われる。
3.手術：肝内胆汁うっ滞は胆管結石が原因となっていることがあり、手術（肝部分切除術、内視鏡的逆行性胆管膵管造影術、結石破砕術など）により、医師の指示に従い、胆道閉塞の解除、感染巣の除去、結石の除去、胆汁排出の円滑化などを行います。
また、自己免荷性肝硬変や硬化性胆管炎が長期にわたって肝内胆汁うっ滞を引き起こすと肝硬変を引き起こす可能性があり、その場合は治療のために肝移植を行う必要がある。
肝内胆汁うっ滞の患者は、適時に医師に相談し、医師の指示に従って適切な治療を受ける必要がある。