口腔咽頭癌の原因には、化学的発癌物質、物理的発癌物質、生物学的発癌物質が含まれる。 口腔咽頭癌は50~70歳の男性患者に最も多く、その原因は化学発癌物質、物理発癌物質、生物発癌物質など多岐にわたる。 化学発癌物質は主にタバコに含まれるベンゾ(a)ピレンであり、アルコールも発癌物質の溶媒として使用されることがあり、ある程度の発癌リスクがある。 物理的発がん因子は、主に口腔内の不適当な義歯、鋭利な歯堤、切り株などであり、これらは頬粘膜や舌側源との継続的な摩擦によって長期的な炎症を引き起こし、発がん因子と呼ばれる。 また、ヒト乳頭腫ウイルス（HPV）のような生物学的発がん因子は、性行動を通じてヒトの口腔内に侵入し、口腔咽頭がんにつながる可能性があり、長期にわたる口腔衛生の不良も患者の口腔咽頭がんを引き起こす要因である。 さらに、罹患しやすさ、栄養不良、遺伝、人種、放射線などの要因も、ある程度口腔咽頭癌の発生に関連している。 口腔咽頭癌の原因について疑問がある患者は、通常の病院の耳鼻咽喉科、頭頸部外科、腫瘍科で相談することができる。