牡蠣は動悸や不眠症、瘰癧（主に頸部リンパ節の結核を指す）、痰核（結節核のような皮下の腫れ）などの病気を治すことができますが、効能には個人差があり、特定の病気の治療が最も効果的な主張はありません。
牡蠣は漢方薬の一種で、塩辛い味がして、少し冷たい性質がある。 肝・胆・腎の経絡に属する。 陽を沈めて陰を補い、精神を安定させ（鉱石などの薬物を用いて精神を安定させる）、節を散らし、硬さを和らげる効果がある。 動悸や不眠、耳鳴り、めまい、瘰癧や痰核（首のリンパ節）、腹部腫瘤（女性の下腹部のしこり）などに用いられる。
焼牡蠣は酸棗仁（胃酸を抑えて痛みを和らげる）、固渋（渋味を直して渋みをとる）作用がある。 精子無力症、突発性発汗（日中に不随意に発汗し、少し動くと悪化する）、寝汗（就寝後に異常発汗し、起床後は発汗が止まる）、胃痛・呑酸（胃から口腔咽頭へ上方へ流れ出た酸を飲み込む）、月経痛（月経量が多い、または数滴以上出る）などに用いられます。
牡蠣の治療効果は、個人の体格、病気の程度などに関係し、個人差があるので、ある病気に最も効果的な牡蠣の治療法というものはない。
また、長期間服用すると便秘、消化不良などの副作用を起こすことがある。 禁忌はまだはっきりしていないので、医師が症状を確認して使用すること。