多剤耐性は病気の治療において非常に深刻な状態である。 多剤耐性は病気ではなく、感染した微生物が同時に3クラス以上の抗生物質に耐性を持つ感染症である。つまり、多くの抗生物質が効かないか、その効果がわずかであるため、炎症を効果的に抑えることができない。 したがって、多剤耐性感染症の管理は臨床的に厄介であるが、不治の病ではない。 多剤耐性による感染症の治療では、その薬剤感受性の結果に基づいて、感染している微生物に対する感受性の高い抗生物質と、そのような細菌叢をカバーする抗生物質を使用し、通常は抗生物質と併用し、高品位の抗生物質を使用して、治療を組み立てることが重要である。 多剤耐性菌はより重篤な感染症であるが、その多くは専門的な医療を受ければ治療・治癒が可能である。