結石の大きさ、性質、場所などによって、薬物療法、体外衝撃波結石破砕術、手術による結石除去などの方法があります。
1.尿路結石：結石の直径が0.5～1cm、好ましくは0.6cm以下で、結石の表面が滑らかで、尿路閉塞がない場合、結石除去の薬を服用することができます。例えば、尿酸結石はアロプリノール、炭酸水素ナトリウム、感染結石はメチオニン、塩化アンモニウムなどの薬を経口服用することができます。
結石の直径が1cm以上の場合、または保存的治療の効果がよくない場合、体外衝撃波結石破砕術を受けることができます。 下部尿路結石で、結石の直径が比較的大きい場合は、膀胱切開術で結石を取り除く必要があります。
2.胆石：無症状の胆石は、軽い食事、運動、定期的な検査が重要である。 痛みが強い場合は、急性発作時にイブプロフェンやジクロフェナクナトリウムなどの非ステロイド性抗炎症薬（NSAIDs）を内服し、けいれんや痛みを和らげる。 胆嚢炎を起こした場合は、ノルフロキサシンやレボフロキサシンなどの抗生物質が必要になることが多い。
胆嚢炎発作だけでなく、胆道疝痛を繰り返す場合は、腹腔鏡下胆嚢摘出術が必要になることが多い。 自己判断は禁物です。
結石は医師の治療によって明確に診断される必要があり、もし薬物療法が医師によって指導されなければならないのであれば、患者は恣意的な治療を受けることはできません。