一般に、もやしは細菌に汚染されたり、長時間放置されたりすると、毒素を発生することがある。
一般にもやしは添加物を一切使用していないが、発芽時に細菌感染が起こり、毒素が発生する可能性がある。 もやしの生育環境は比較的温暖で湿度が高いため、もやしの殺菌がうまくいかず、腸内細菌科やリステリア菌の繁殖に適している。
また、もやしを長時間放置するとカビが発生し、毒素を産生することがある。 摂取後に吐き気、嘔吐、腹痛などの不快感を感じることがあり、重篤な患者は電解質異常、酸塩基平衡異常などを起こすこともあるため、速やかに医師の診察を受ける必要がある。
日頃から食事の安全性にも注意し、体調不良を感じたら速やかに医師に相談する必要がある。