若年性特発性関節炎は亜型によって予後が異なり、一概には言えない。 罹患関節により、小関節型、多関節型、全身型に分類される。
1.小関節型：発症後6ヵ月以内に1～4関節が侵されるもので、持続型と拡大型に分けられる。 この型の予後は比較的良好であるが、再発しやすい子供もいる。 進展型では成長してから関節破壊を起こすこともある。
2.多関節型：発症後6ヵ月以内に5関節以上に病変を認めるもので、リウマチ因子陰性と陽性に分けられます。 このタイプは障害を引き起こしやすく、リウマトイド因子陽性の人は陰性の人に比べて障害率が高い。
3.全身型：発熱が2週間以上続き、関節炎、リンパ節腫大、肝・脾臓腫大などを伴う。 このタイプは最も重症で、マクロファージ活性化症候群と合併しやすく、生命を脅かすようになる。 成長期は大きく異なり、中には重度の関節破壊やアミロイドーシスを発症することもある。
若年性特発性関節炎の患者さんは、予後を改善するために、通常の病院で医師の指導のもと標準的な治療を受けることをお勧めします。