アトロピン点眼薬の副作用は、主に視力に対する瞳孔拡張状態、局所の発赤、発熱などであるが、通常2～3週間で消失する。 アトロピンとトロピカミドは、検眼眼底検査などを受ける前に、調節による検査結果への影響を避けるため、あるいは眼底観察を容易にするために、小児や青少年の瞳孔を拡張させるためによく使用される。 アトロピン自体がコリン作動性受容体拮抗薬であるため、局所的な発赤や温感などの副作用を起こすことがあるが、最長で2～3週間後に消失する。 アトロピン点眼薬はより強力な瞳孔散大薬に属し、瞳孔散大状態になるとかすみ目や読書時の羞明などにつながり、瞳孔散大状態の回復には1～2週間かかることがある。