上部消化管内視鏡検査は一般的に身体に害を及ぼすものではないが、耐容能の低下やコンプライアンス不良により、検査中あるいは検査後に腹部膨満感、悪心・嘔吐、出血、穿孔などの合併症を起こす患者が少なからず存在する。 1.腹部膨満感、悪心・嘔吐：上部消化管内視鏡検査は一般的に、口または鼻腔から咽頭、喉を通って食道、胃に内視鏡が入るため、胃に内視鏡が入ると胃の平滑筋が引っ張られたり、胃粘膜のうっ血や浮腫が生じたりして、悪心・嘔吐症状が出ることがあります。 また、検査中に消化管内にガスが注入され、検査終了時に腹部膨満感が生じることがありますが、疲れると軽減します。 2.出血：上部消化管内視鏡検査は一種の侵襲的な検査であり、胃に入る過程で周囲の粘膜組織と摩擦や衝突が起こり、機械的な損傷が生じ、胃粘膜出血が起こります。 食道粘膜裂傷による出血も起こりうる。 3.穿孔：術者の不慣れや患者の非協力性により、梨状陰窩穿孔や十二指腸穿孔などの消化管穿孔が起こることがある。 穿孔後、縦隔気腫、気胸、皮下気腫、後腹膜気腫が発生することがあり、外科医が速やかに処置すべきである。 全体として、上部消化管内視鏡検査の合併症は非常にまれであり、患者は合併症を避けるために積極的に医師と協力すべきである。