新生児の健康診断には、一般的に身体検査、病気検査などが含まれます。
1.身体検査：新生児の身長、体重、頭囲、骨盤などを測定する。 新生児は、採食、吸啜、嚥下などのさまざまな原始反射があるはずである。
2.疾患スクリーニング：例えば、遺伝性代謝疾患（先天性甲状腺機能低下症、フェニルケトン尿症など）の新生児スクリーニングでは、検査のために踵血を採取する必要がある。 聴覚障害のある新生児は、新生児聴覚スクリーニングによる検査が必要である。
新生児身体検査は、赤ちゃんの身体的な健康状態や成長発育を把握するのに役立ち、異常があれば適時に医師に相談し、赤ちゃんの成長発育に影響が出ないよう早期の介入を行うことが推奨される。