肺炎クレブシエラ感染症の最も効果的な治療法は抗生物質であるが、患者の状態に応じて最適な薬剤の種類を選択する必要がある。
抗生物質の選択肢は多く、通常は薬剤感受性試験の結果によって抗生物質のレジメンが決定されるが、診療所では病原細菌の入手が困難なことが多く、感染部位の違いによって経験的に異なる薬剤が選択されることになる。
肺や腹部の感染症には、β-ラクタム系抗生物質（アモキシシリン、セフォペラゾンなど）やカルバペネム系抗生物質（イミペネム、メロペネムなど）が一般的に使用される。 β-ラクタム系抗生物質の副作用や禁忌は薬剤によって異なり、カルバペネム系抗生物質の副作用には消化管反応や血液学的細胞減少などがあり、アレルギー患者では禁忌である。
泌尿生殖器感染症には通常キノロン系抗菌薬が選択され、副作用には主に胃腸反応、頭痛、めまい、軟骨発育への影響などがあり、アレルギー患者には禁忌である。
肺炎桿菌感染症に対する抗生物質の投与期間は通常1～2週間で、効果が思わしくない場合は、耐性菌の有無や病変の広がりなどを考慮する必要がある。 医師の指示に従い、病院で治療を受けることをお勧めします。 薬剤は医師の指導のもとに使用すべきであり、やみくもに服用すべきではない。