一般的に、ひまわりの種を適度に摂取しても副作用はないが、摂取しすぎると、脂肪の過剰摂取につながり、血中脂質値に影響を与えやすく、肥満のリスクなどが高まる。 ヒマワリの種には、大量の脂肪酸（不飽和脂肪酸、オレイン酸、リノール酸など）、脂溶性ビタミン、各種ミネラル（カルシウム、鉄、銅、セレン、マンガン、カリウム、リン、マグネシウムなど）、アミノ酸、タンパク質、少量の炭水化物などが含まれており、適度な摂取は体に良い。 ヒマワリの種は油が豊富なので、大量に摂取すると、人体のカロリーが増加し、血中脂肪が増加し、肥満のリスクが高まる。 また、高脂肪食品を長期的に摂取すると、肝臓の代謝負担が増加し、脂肪肝になりやすい。 また、精製されたヒマワリの種には一定量の糖分が含まれている可能性があり、高血糖の人にとって、精製されたヒマワリの種の過剰摂取は血糖値に影響を与える可能性があり、病気のコントロールにつながらない。 したがって、ヒマワリの種は適度に摂取することが推奨され、成人の場合、週に50～70グラムを目安に摂取することが望ましい。