標的療法は化学療法とは治療原理、治療効果、コストの点で異なる。
1.治療原理の違い：標的療法は腫瘍細胞の分子生物学的特徴を標的とする役割を果たし、標的性が高く、腫瘍細胞を特異的に死滅させることができる。 一方、化学療法は、増殖の速い腫瘍細胞に化学薬剤を作用させ、腫瘍細胞のDNA構造と機能を破壊し、腫瘍細胞の増殖、複製、分裂などを阻害し、腫瘍細胞の増殖能力を失わせる。
2.治療効果の違い：標的療法は標的マーカーを含む腫瘍細胞のみに作用し、正常細胞への害は小さい。一方、化学療法薬は無差別に攻撃するため、化学療法薬が普通の組織や臓器を攻撃し、より明らかで深刻な副作用が発生する。
3.費用の違い：標的療法は比較的新しい治療法であるため、使用される薬剤は化学療法に比べて高価であり、その価格差は非常に大きい。 平均的な家庭の経済状況の患者さんにとっては、標的治療の経済的負担に耐えられないかもしれない。
標的療法にせよ化学療法にせよ、医師が選択し実施する必要があり、個人が無許可で化学療法や標的治療薬を使用してはならない。