一般的な大腸内視鏡は回盲部や回腸末端までが最も深く、小腸内視鏡の場合はカプセル内視鏡などで小腸も検査できる。 大腸内視鏡には、光ファイバー大腸内視鏡、カプセル内視鏡、シングルバルーン小腸内視鏡、ダブルバルーン小腸内視鏡など多くの種類がある。 通常の大腸内視鏡検査は一般に結腸・直腸の病変を調べるもので、肛門から回盲部や回盲部末端まで入る光ファイバー式電子大腸内視鏡を用いることが多く、大腸病変の大腸内視鏡観察は主に脱腸時に行われる。 シングルバルーン小腸内視鏡やダブルバルーン小腸内視鏡の場合、口から小腸上部にアクセスし、肛門から入って回盲弁から小腸下部に到達し、小腸全体の検査を終了するためには2回目の手術が必要となる。 カプセル内視鏡の場合、口から飲み込み、胃、小腸、大腸を通過し、肛門から排出される。 一般的に、異なる条件と患者のニーズに応じて、異なる大腸内視鏡検査モードを選択することになり、患者は長所と短所を比較検討し、合理的に選択することをお勧めします。