自閉症児に対する有効な薬物療法や外科的治療はなく、自然教育法や行動代替療法などの訓練とリハビリテーションが中心である：
1.自然教育法：自閉症児を対象とした訓練は、人工的でない環境で行い、できるだけ訓練に参加させ、実証と補強を行う。 トイレ、買い物、食事、社会的ルールなど、基本的な社会生活や学習スキルを習得できるように訓練することで、社会的障壁を軽減し、生活の中で基本的なセルフケアができるようになり、社会復帰できる子どももいる。
2.行動代替療法：非建設的で意味のない行動を、建設的で意味のある行動に置き換える訓練法である。 例えば、紙を何度も破るという自閉症児の行動をブロックで遊ぶことに置き換えることで、紙を何度も破るという意味のない行動をなくすだけでなく、手の器用さを高め、同時に脳を発達させることができる。
自閉症児の行動の中には、不適切な時や場所に不適切な方法で表現するものがあるが、教師や親は、不適切な行動に代わるものとして、自分の欲求を表現するために必要な基本的な言葉を学ぶように指導することができる。
また、自閉症児の治療には他の方法もありますが、早めに病院を受診し、病気の原因を特定するための検査を改善し、的を絞った治療や療法を行うことをお勧めします。