パラフィン病理検査と凍結病理検査では、ほとんどの結果に大きな差はないが、時間的制約、採取検体数の制限、準備の影響などにより、結果に差が生じることがある。
1.時間的制約：術中の凍結病理報告は時間的制約があり、一般的に病理報告書発行まで30分程度を要するが、術後のルーチンパラフィン病理報告は時間的制約が少なく、一般的に病理報告書発行まで5～10日程度を要する。 検査時間を急ぐあまり、凍結病理検査にミスが生じ、パラフィン病理検査報告書よりも結果が劣る可能性がある。
2.材料数の制限：検査時間を短縮するために、術中の凍結病理報告書では採取できる材料数が制限され、採取できる組織量が少なくなる。 また、摘出組織数に制限があるため、術中凍結病理検査では、検査漏れや誤診が生じやすく、術後パラフィン病理検査報告書の結果と乖離が生じやすい。
3.作成効果：凍結病理報告書は主に切片を効果的に脱水することなく凍結して作成されるが、パラフィン病理報告書は十分な脱水後に切片を作成する必要があり、検査組織の観察に適している。
そのため、両者の精度には差があり、パラフィン病理報告書の精度率は最大98％、凍結病理報告書の精度率は95％程度である。
術後のパラフィン病理報告書と術中の凍結病理報告書の検査結果に大きな差がある場合、通常は術後のパラフィン報告書の結果を主に参考にする。