アメーバ症の典型的な症状は、下痢、腹痛、血便である。
アメーバが人体に感染した後、主に腸に寄生し、それに対応する症状が現れる。 主に臍の周囲に腹痛を起こすことがあり、上腹部に隠れた痛みしか示さない患者もいる。
多くの患者は下痢にも悩まされ、生臭いにおいのするジャムのような便が、切迫感や重苦しさ（下腹部の不快感、便を出したいという強い欲求、排便後の不完全な排出感）を伴って現れます。 アメーバ原虫は病変部位に炎症と滲出を引き起こし、血便もみられる。
アメーバ原虫は腸のほか、臓器に侵入することもあり、肝臓に侵入すると肝膿瘍を起こし、右上腹部の激痛と発熱が現れます。 アメーバ原虫感染が疑われる場合は、迅速な診察が必要である。