扁桃炎を併発するIgA腎症患者に対しては、扁桃炎の常用薬としてアモキシシリンやセファロスポリン系抗生物質（セフロキシムなど）を用い、非ステロイド性消炎鎮痛薬（イブプロフェン）などを併用する対症療法が原則である。
IgA腎症患者の扁桃腺の炎症は、やはり細菌感染が関与していると考えられ、臨床症状も咽頭痛、嚥下困難、発熱などである。 腎症患者では血尿、蛋白尿、腎不全を合併することがあるため、投薬期間中は腎機能を注意深く観察し、腎機能へのさらなる障害を最小限に抑えるため、必要に応じて投薬量を減量する必要がある。
IgA腎症が慢性扁桃炎の再発を伴う場合は、安定期に選択的扁桃摘出術を行うことが推奨される。 上記の薬剤は、医師の監督下で使用すべきである。